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2000 年政黨輪替，民進黨陳水扁政府上台後，推行「轉型正義」，除認為「中正」為名的街道、學校、機關應檢討改名，也認為不該繼續在慈湖安放白色恐怖加害者的遺體供人瞻仰。國防部曾考慮過把兩蔣陵寢遷葬至五指山國軍公墓，也花費 3000 萬興建墓園，但是由於無法與蔣家人共識，兩蔣墓園荒廢至今。
早在 2007 年 12 月行政院已做出決定，除認為軍方人員可撤離之外，還要求當時的桃園縣府要在 2008 年 6 月底前，完成兩蔣園區的接替接管任務，但是遭到桃園縣政府拒絕接收，理由是國葬法修正草案未完成。慈湖由國防部編列預算管理，桃園能坐收觀光之利，不必自負盈虧，恐怕才是桃園縣政府拒收的原因。
慈湖陵寢目前由國防部後備指揮部桃園管理組管理，每年編列預算由三軍儀隊官兵站崗，在民進黨 2016 年再度執政後，包括民進黨立委劉世芳等人均認為在堆動中正紀念堂轉型後，慈湖陵寢也應該撤兵，不該每年花費近 6000 萬元維護慈陵寢。
在這波轉型正義運動下，最左右為難自然是民進黨籍的市長鄭文燦， 一旦靈寢遷離恐傷害大溪地區觀光。鄭文燦 2016 年 11 月時曾表示，兩蔣陵寢的憲兵禮儀也是慈湖觀光特色的一環，桃園市政府希望能夠繼續。」他也表示慈湖及頭寮靈寢應由中央管理，至於兩蔣園區的部分，只要人力、預算到位，桃園市政府願意負責全面管理，推動歷史觀光旅遊。
針對慈湖陵寢遭潑漆，鄭文燦表示，兩蔣文化園區是當年前副總統呂秀蓮在擔任桃園縣長期間所設立，目地就是為了卸除個人威權崇拜，是基於歷史文化及觀光價值。他說:「園區早已卸除威權崇拜的意味，可以基於觀光的理由保留。」
