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這場豪雨使台南地區養畜禽舍淹水，造成豬、雞等部分畜禽損失，動保處於災害發生時，立即動員相關人員待命，彙整臺南各區受災禽場相關資料並協助受災畜禽業者進行清運。
動保處表示，死亡畜禽一律集中載運至化製廠、堆肥場處理或送往焚化爐燒燬，不會流入市面，同時將場內進行澈底清潔消毒，以防範疫病發生。因部分地區積水未退的關係，該地區的畜禽場尚無法進行清運工作，俟積水消退即可進行清運。
動保處提醒畜禽業者，受災畜禽戶應向區公所申報，動保處將每日彙整資料，列為協助清運屍體名單中以進行清運作業。受災畜禽戶在淹水退去後可開始整理畜禽舍，並將損失畜禽打包以利進行清運，為緊急處理，動保處比照禽流感處置模式協調環保局防漏密閉式車輛或化製車協助清運，盡速清除災後損失畜禽，以恢復平靜的家園及生活。為減少災後疫病發生，動保處並於積水消退後派遣防疫消毒車對受災嚴重區域之畜禽場周邊及公共區域進行消毒。
本次災後受損以禽隻為主，為避免活禽受到緊迫而發生禽流感等疫病發生，動保處除派遣防疫消毒車對本市各畜禽場周邊及公共區域加強消毒，也呼籲這段期間業者需加強禽舍消毒及落實生物安全防疫措施，防範疫病切勿掉以輕心。畜禽業者於災後應每日觀察動物健康狀況，若出現動物異常死亡情形，應立即通報動保處，以協助疾病診斷及採取必要之防疫措施。
