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最終開票結果在25日凌晨2時30分出爐，台北市長柯文哲獲得58萬820票、國民黨候選人丁守中獲得57萬7566票，兩人票數相差僅0.23個百分點、3254票。根據《公職人員選罷法》規定，勝負差距在千分之三時，候選人得向管轄法院聲請查封全部或一部分投票所之選舉人名冊及選舉票，就查封之投票所於二十日內完成重新計票。
丁守中陣營也對投票過程提出強烈質疑，痛批中選會刻意與台北市選委會合謀、放水操作棄保。丁守中隨即在律師陪同下前往台北地院遞狀，聲請查封台北市全部投票所的選舉人名冊及選舉票，並提出選舉無效之訴。
根據《公職人員選罷法》規定，選舉無效之訴是針對選務機關違法、足以影響當選結果，檢察官、候選人得自選舉結果公告15日內，以選務機關為被告，向管轄法院提出訴訟，並設選舉法庭審理，以二審為終結。法庭應於六個月內審結，若以進入二審程序做計算，最長可能拖到一年時間。
此次台北市長選舉出現了許多台灣選舉史上的首例，台北市投票人數約141萬人，卻比起新北市超過200萬人投票，花了更長時間開票，創下最長的開票時間，以及出現邊投票、邊開票的情形，甚至得票率第三名的姚文智一度傳出要在晚間19時就要召開記者會宣布敗選，最後因有顧慮而推遲到晚間20時40分才宣布。
然而面對投開票過程中出現的諸多問題，中選會主委陳英鈐、副主委副主委兼發言人陳朝建卻都雙雙神隱，自始自終都不願接受媒體採訪，也未對投開票延遲進行說明。也因此台北市長投開票不得不在狀況百出的情況下暫時告一段落，但可以想見選舉結果並未就此塵埃落定，紛爭恐將持續延燒不少時日。
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