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海洋委員會統計，截至今年5月，共劃設46處保育區，面積約5264.27平方公里，占台灣領海外界線以內水域面積加上金馬太平島禁限制水域64,473平方公里面積之8.17%。
不過綠色和平海洋專案主任鍾孟勳認為，聯合國2015年通過決議，在2030年全球應成立 30% 的海洋保護區，若照此標準來看，台灣的海洋保護區仍不足，應盡速定《海保法》，讓台灣與國際接軌。
他說，目前海洋保護區分屬不同部會管理，各部會本於職責，僅針對特定目標進行保育，但海洋生態環環相扣，應以更宏觀的角度進行整合管理的工作，《海洋基本法》第13條揭示，應本於生態系統為基礎的方法保護海洋，因此《海保法》的目的在於，整合管理不同法源的海洋保護區，提出相對應的科學監測與研究，並建立完整的保護策略。
鍾孟勳也提到，海洋中珍貴的藍碳資源，包括紅樹林、海草床等，具備碳貯存能力，有助於減緩氣候變遷，呼籲將藍碳生態系納入評估劃設保護區之考量要點，並將藍碳生態系列為海洋保護區內的重要保護目標，在規劃海洋保護區的同時，考量氣候變遷對藍碳生態系造成的衝擊；此外，海洋或海岸開發案環境評估，也應納入生態系變化所造成的碳匯變化，做為考慮開發案的因素之一。
事實上，海保署早在去年4月就曾針對《海保法》草案開過公聽會，但對於保育與開發孰重孰輕，仍是各界關注的焦點。《海保法》草案規定，海洋庇護區得區分為核心區、緩衝區及永續利用區。
其中在核心區，除了軍事目的、公務目的或經中央主管機關許可之科學研究、監測與調查等活動。，任何人都禁止進入並從事活動。
至於緩衝區，也明文禁止下列行為，一、水產養殖。 二、商業採捕海洋生 物。三、開挖、濬深航道或施作海洋工程。 四、鋪設電纜、管道、設施或結構。五、從事探礦或採礦。六、其他經中央主管機關公告禁止行為。但又有但書，若有主管機關許可，不在此限。
達德能源是德國的風電及太陽光電開發與營運商，目前是台灣最大的民營再生能源營運商，但若要開發離岸風電，就可能受到《海保法》限制。達德能源代表出席公聽會時就曾質疑，中央主管機關是經濟部還是海委會？「今天如果說已經拿到經濟部的開發的許可，結果海委會說你沒有拿到我的許可，那到底我
是可以做，還是不可以做？」
海保署長黃向文澄清，並非所有的海洋都要劃設為海洋庇護區，根據草案，會先劃設程序公告實施後，依不同的區位，進行分區管理，若個別風電業者所開發的區位並沒有被劃定為海洋庇護區，則不受到相關的法令規定之拘束。
鍾孟勳也認為，任何產業開發都應以環境為本，考慮環境全面的生態價值，有全面的評估計劃。倘若開發目標海域確實為重要生態資源，理應進行保護，確保生態資源存續也兼顧綠能發展。
海保署副署長吳龍靜說，《海保法》去年7月已陳報行政院，目前正依行政院指示，與內政部營建署、農委會林務局與漁業署、經濟部能源局等相關機關交換意見並加強溝通，爭取《海保法》三讀通過，也會朝2030年海洋保護區達我國海域面積30％目標努力。
至於現有的各類開發案件，吳龍靜說，海保署會多透過要求生態補償作為、開發基地長期監測，以及施工期間觀測等方式盡量減緩對環境的衝擊，並持續發展較低環境影響的工法或設備，這些都是保育方及開發方之間多年來相互折衝下的成果，隨著科技進步，也許可期待保育與開發間的動態平衡能逐漸往更友善環境的方向發展。
