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此後，配合二代健保施行，在擴大費基、新增補充保險費及強化政府負擔等財源下，健保費率自2013年調降至4.91%，後再降至4.69%，健保財務也因此自2017年開始入不敷出，且短絀數逐年擴大，於是，衛福部長陳時中於2019年末宣布，自去年元旦起，健保費率調漲至5.17%，補充保費調整至2.11%，並保證到今年前都不會再調漲保費。
《全民健康保險法》第76條第二項規定，當健保年度收支發生短絀時，應由健保安全準備金先行填補，又根據《全民健康保險法》第78條規定，健保安全準備金應維持1至3個月的保險給付支出為原則。
不過在維持現行費率5.17%的情況下，全民健康保險會執行秘書周淑婉曾指出，預估至今年底的安全準備約為0.91個月，再併同考量健保各項挹注財務的措施，例如股市活絡將增加補充保險費收入、總額專款的執行受疫情影響，剩餘款應可回補安全準備至1個月。
考量到健保費率並未調足，安全準備金可能無法維持1個月，健保會2月25日討論5大健保財務調整措施，包含調整部分負擔、提高投保上限、廢短期停復保、改革補充保費、強化政府責任。周淑婉說，健保會由不同層級醫院、雇主與勞工等付費者、專家學者、公正人士及有關機關代表等組成，其定位為民意溝通平台，會議屬於政策諮詢，不會做出決策，但相關意見都將會作為衛福部參考。
她也透露，歷經3小時會議，健保會委員僅對於廢除旅外國人停復保制度及調高投保金額上限有較大共識，部分負擔方面仍持不同看法。
根據健保署提供的委員意見彙整表，在部分負擔改革方案中，針對調整藥品部分負擔、慢性病連續處方籤第二次以後調劑、新增檢（查）驗部分負擔、調整急診部分負擔，委員認為，具有可保障基層及社區醫院、讓醫學中心與區域醫院回歸急重難罕病照護角色，也能落實醫藥分業、避免藥價差現象發生，並改變民眾用藥觀念及就醫行為，落實分級醫療及轉診制度等優勢。
不過，也有委員認為，這是變相懲罰醫學中心與區域醫院，各層級院所有藥品完整性及特殊藥品缺藥問題，部分藥品僅大型醫院有，民眾僅能至大型醫院拿藥，某些藥品單價高，更是變相處罰重症患者，又如何避免不必要的檢查及是否需檢驗檢查，病人無法決定，且以檢傷分類的級數收取急診部分負擔，不夠精確等問題。後續健保會會綜整委員意見提報至衛福部，最終決策與則交由衛福部審定與推動。
