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中選會表示，此修正主要為因應公民投票法於去年1月3日修正施行後，在同年九合一選舉前計有37案提出，且有10案與九合一選舉同日舉行，在受理審議過程中，各界對於人權議題得否交付公民投票迭有討論，另發現有提案主文模糊、誘導情事、死亡連署、投票日從事宣傳、大量公民投票案與選舉同日舉行衍生投票秩序之混亂、及性質相同標的相反之數個公民投票案如全數通過時如何處理等同題。
行政院長蘇貞昌表示，2006年內政部為了便民，免去了連署時需檢具身分證影本的規定，當時主要的考量是因為公投門檻非常高。好不容易在打破「鳥籠公投」之後，去年首度辦理的公投過程中，卻有特定團體及有心人士，透過系統性的大量抄寫名冊，進行提案連署。
他指出，甚至其中還有3案同時、恰好都有連署的造假情形發生，這讓政府便民的美意與人民直接作主的公投立法精神，遭到踐踏，實在很遺憾。政府絕不允許深化民主的公民投票制度，反而淪為傷害台灣民主的工具。
蘇貞昌說，若有人假借民主程序，破壞民主或者在施行作業過程中遭遇非常多情況，至公投無法順利進行，又或者因為公投的同時舉行，發生很多選民無法接受的選舉時間延宕等，政府有責任通盤檢討。
中選會指出，為落實國民直接民權之行使，乃廣蒐各界、相關機關及所屬選舉委員會意見，並就去年公民投票案實施經驗及所見缺失等問題，召開多次會議研討後研提本次公民投票法修正草案，草案在行政院函請立法院完成審議後，應有助於健全公民投票法制度及落實公民投票之精神。
