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不過，對於政院為解決內外資差距與人頭炒股問題，擬將營所稅率由現行 17% 提高至 20%、未分配保留盈餘稅則從 10% 減半為 5%，包括費鴻泰、曾銘宗、賴士葆等國民黨立委認為，台灣企業 98% 是中小企業，也是支撐台灣經濟的主要力量，如果調高營所稅，等於懲罰這些對台灣經濟有貢獻的企業，股利所得分離單一稅率課稅改為分級課稅，稅收就可彌補中小企業的不加稅。
財政部則指出，目前符合「中小企業發展條例」定義的中小企業約有 138 萬家，屬獨資合夥的中小企業約 78 萬家，其中有 51 萬家、約 37% 的中小企業是免開統一發票，即 37% 不用繳營所稅，另也有 27 萬家需開立統一發票，但稅改後可免繳營所稅，僅須併入綜所稅計算。
財政部長許虞哲強調，調高營所稅後，只有 30 萬家企業要繳稅，總繳稅金額約 262 億元，營所稅率若不提高，將損失 262 億元，但對於股利所得適度提高或者改分級，許虞哲則說，尊重各委員的意見。
此外，財政部提及，中小企業不僅可享研究發展支出投資抵減，還有員工加薪薪資費用加成減除等最多 30% 的租稅優惠。不過，許虞哲也說，股利所得 26% 是否分級或提高，尊重各委員的意見。
除了營所稅意見分歧，也有立委認為，政院版稅改過度強調內外資股利所得稅率衡平，重點應減輕民眾租稅負擔，多項扣除額應加碼。許虞哲回應，各立委所提的各項扣除額提案，個別看都很有道理，很難去挑戰，但若全部採納，初估要增逾千億元，對稅收將有相當影響。
也由於朝野意見不一，法案審查至下午仍無共識，最後召委費鴻泰裁示，要求財政部試算各立委提案可能的稅損狀況，並與各別立委溝通，稅改法案初審將擇期再審。
