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柯文哲過去和陳菊多有摩擦，柯曾批評高雄市舉債過高、悠遊卡不能嗶進輕軌等等。外界猜測，陳菊接下府祕後，除了處理新北市選情之外，下一步就要處理柯文哲，柯文哲稍早前對此表示，民進黨有一個選對會，聽說陳菊不在裡面，他對高雄市政的看法，只是「實話實說」而已，認為自己和陳菊並沒有什麼過節。
此外，陳菊連兩周北上為新潮流的議員助陣，上周六陪梁文傑，這周和周威佑掃街拜票，媒體也追問她是否想要讓新潮流的參選人通通上壘，陳菊說，她不是派系的思考，最主要是周是個優秀的年輕人，在面臨競爭的過程中，如果資源比較少，需要像她這樣的民主老兵來為他們加油，她覺得這也是自己的責任，因此特地北上幫他們拉抬聲勢。
針對總統蔡英文說，她和陳菊、行政院長賴清德是府院鐵三角，暗示要陳菊多幫忙一事，陳菊先說聲「謝謝」，強調不管是蔡英文，或是賴清德也好，在一個民主改革面臨很多艱難，加上台灣的民主要深化、改革要成功，在這重要的階段，她當然會大力支持蔡英文和賴清德。在高雄市長的任期即將屆滿前，如果她還能為總統及行政院長在深化改革盡一份力，這也是她的責任。
