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對此，吳茂昆中午透過教育部發出聲明指出，台灣中央研究院物理所和中國國家科學院物理所自2008年起簽署合作協議，雙方人員進行學術活動。吳茂昆說：「我和該院的合作也就僅在學術的、短期的、演講交流等活動。」
吳茂昆也解釋，中國國家科學院部分年輕研究員，曾希望他能在部分計畫上給予更多諮詢，但他因時間安排和自己的研究計畫，並沒有參與後續相關活動，也沒答應任何職位。
吳茂昆在聲明中強調，中研院研究員屬於公務人員，到中國必須事先申請，他到中國都是進行短期的學術交流活動，都符合規定。
對於國民黨的質疑，中央社記者稍早向中研院查證，中研院截至中午只簡短回覆：「有關吳茂昆院士任職本院期間兼職與赴陸資料，正在清查中。」（編輯：梁君棣）1070417
