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對此，吳思瑤表示，跨部會小組成員當中，基於職責、專業對全案的意見表述，都應該受到保障，現在卻被有如獵巫般的，只要不是挺管的，就被拉出來鞭屍，這是理性專業的討論嗎？這就是泛政治化，讓人遺憾。
此外，教育部將外界稱為「拔管小組」的跨部會小組 2 次會議記錄列為密件，須保持機密 1 年後方可解密。國民黨立委柯志恩批評說，教育部濫用國家機密保護法，「這不是黑箱，什麼才是黑箱？」
對此，吳思瑤表示，教育部跨部會小組的會議資料，教育部用密件的方式來處理，這是承辦人員基於文書處理手冊的原則，來做這樣的限定，經過藍委在教委會提出質疑之後，教育部在第一時間同步提供有索取這份資料的委員，事實上已經形同解密，沒有迴讓立委透過監督、質詢的權利來了解。
吳思瑤強調，教育部已經如實公布，不需要把承辦人員作業的選擇性，列為機密的作法，無限上綱成黑箱，如果真的是黑箱，國民黨立委現在也要不到這份資料。
