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吳思瑤指出，她能理解在前教長潘文忠請辭後，當時因為是在立法院會期中，有很多預算和法案，需要新教長負責推動，所以臨時找了吳茂昆上陣，現在沒有會期中的壓力，她也寧可不要有時間壓力，能周延選擇新教長，才能穩定教育政策的推動。
吳思瑤並說，她擔任教委會召集人，對於吳茂昆個人離開，她相當能夠理解，吳茂昆在教委會所受到僵局，國民黨立委因為管案不滿的情緒，衍生政治操作，把砲火轉到吳茂昆個人身上，並不是針對事情本質、政策來監督，更無限上綱對吳個人事件近乎扒糞式的羞辱，不管對教育政策或對管案後續適法性，也完全失焦，她可以理解吳承受的壓力、政治攻擊，這些都令人感到非常遺憾。
民進黨團幹事長何欣純則說，吳茂昆上任後有很多想做的事，他來自高教、學術界，有很多想法想做，現在因為剛好在台大校長這件事情，做為教育部長必須面對，但種種壓力、對他不公平的批評，造成他請辭的原因。
何欣純指出，吳茂昆對不公平、沒有證據的說法，很義正嚴辭的在第一時間出面說明，也不是一路挨打，但在野黨仍用議事杯葛、預算杯葛、沒有證據、誇大過度的批評，才會有這樣一路挨打的印象。至於繼任人選，則尊重行政院。
