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陸軍特指部及海軍陸戰隊編成23個蒐報小組，兵力計141人，攜帶衛星電話、GPS定位儀、無線話機等裝備，可針對山地高危險地區，協助執行居民撤離、災情蒐報、緊急救援及救災部隊引導等任務，後續依災情發展增派兵力支援。在防、離災階段，本、外島各作戰區（防衛部），預劃於22個縣市、364個區鄉鎮，派遣連絡官731人，協助地方政府兵力申請，並會同地方警消，共同執行災情蒐報任務。
同時為有效因應防疫工作，國防部整合三軍專業化學兵部隊，於平時完成人員、裝備、機具整備，當疫情發生時，可即時投入災防兵力2,300餘人，協力地方政府防疫工作，防堵疫情擴散。另外，國軍各級心理衛生中心計225人，遇重大災害時，各作戰區可立即整合地區內心輔官，成立「重大災害事件心理衛生中心」，會同民間社福、慈善等團體，執行救災官兵及災民心理輔導（撫慰）工作。
