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監察院表示，吳茂昆於民國104年8月18日向美國加州州務卿申請設立美國師沛恩有限責任公司，並於同年9月2日經核准設立，其為該公司執行業務股東，負有管理權限，並實際參與公司委託申請專利事務，該公司資本總額為1,000美元，其應出資200美元，占總資本之20%，違反公務員服務法第13條第1項規定。
此外，吳茂昆未經東華大學授權或同意，以校長名義於民國104年8月25日將該校綬草醫藥應用專利的美國臨時申請案（US62/106,177）及我國專利申請案（TW104107161）讓與其當時為執行業務股東而為負責人之美國師沛恩公司，並於同年9月2日以該公司名義提出專利合作條約國際申請案，侵害東華大學之專利權。
監察院說，吳茂昆由自己申請該校就美國發明專利申請勞務採購案動支經費新台幣80萬元，並由其本人親自核准，致使東華大學因不知吳茂昆以公司名義申請而於民國105年3月15日匯款新台幣76萬6,952元予WSGR專利事務所，已違反公務員服務法第6條及公職人員利益衝突迴避法第6條、第7條等有關公職人員知有利益衝突之情事者應即自行迴避及不得假借職務上之權力、機會或方法圖其本人或關係人之利益等規定，違失行為事證明確，情節重大，爰依法提案彈劾。
行政院發言人徐國勇表示，吳茂昆之前的行為雖非無因，亦為因時間緊迫下所為的權宜措施，但對於未在權宜措施之後，進行補正程序作為，導致行為在法律上經監察院認為違反規定而遭彈劾一事，行政院表示尊重。
▲監察院彈劾吳茂昆審查決定書。（圖／監察院提供 , 2018.7.3）
