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中選會表示，行政法院於作成停止執行的裁定前，應先徵詢公告機關意見，但台北高等行政法院於11月7日下裁定前，並未通知中選會表示意見，裁定本身顯然有違法疑慮，中選會於11月9日收到裁定書時，大部分地方選委會公投公報已印製完成，部分甚至已經發送到各區公所，將依法提起抗告。
中選會表示，10月24日已依公投法第17條規定，公告全國性公民投票案第7到16案，10月29日行政院檢送全國性公民投票案第9到15案政府機關修正意見書，因過去全國性公投案第6案，曾有發布修正公告的前例，且這次公投公報到11月2日尚未付印，因此於11月2日援例公告前開修正意見書。
中選會指出，公投公報同時印製提案主文與理由書，以及政府機關的意見書，兩面俱呈，全體人民可以依其自由意志形成贊成或反對公投主文意見，投下神聖一票。以上作法不僅完全依照公民投票法審議民主的立法意旨，且符合歐洲理事會設立的威尼斯委員會（TheVenice Commission of the Council of Europe）對公民投票法主管機關的中立要求。
中選會11月2日公布行政院修正意見後，隨後舉辦公投案全國電視意見發表會，相關提案人若對政府機關的意見不表贊同，都可藉由電視發表會跟全國民眾做適當說明，以爭取民眾支持。
中選會表示，對所有公投提案中立，對於提案的理由或相關政府機關的意見也無偏好，只是依法促成人民與政府對相關議題充分溝通；凡依照公投法程序完成投票，無論結果通過或不通過，都是人民意志表現，中選會都將予以尊重。
根據中選會公告，行政院對第12案公投意見書內容如下：
一、憲法保障同性間得以結婚之權利，已經司法院釋字第 748號解釋確認，不會因這次公投結果而有所變更。
二、司法院釋字第 748 號解釋亦責成相關機關應於 2年內完成相關法律修正或制定，其僅須使同性之間能與異性之間享有平等之結婚權利，並未限定須修正民法或以其他法律另定之。
三、基於以上，本案若獲通過，政府將尊重依法所進行公投結果，並依司法院釋字第 748 號解釋意旨，進行同性婚姻相關法規修正工作並送立法院議決。（編輯：林淑媛）1071113
