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為因應持續防疫之需，防疫所也會每月定期及不定期取樣水源送檢病毒；若有病毒隨原水帶入金門，亦僅限於在田浦受水池、原水導水管線及淨水場內，均屬隔絕狀態，又自來水供水已經淨水場各單元過濾及充分消毒，符合飲用水標準且安全無虞；若因原水帶有病毒而須配合防疫政策暫停大陸原水之引進，則淨水場可立即啟用本地原水，不會影響供水。
依據世界動物衛生組織（OIE）之專家建議，非洲豬瘟病毒可經過日照及加熱去活化，糞便病毒在室溫存活天數也不長，畜牧場環境衛生可採濃渡2%的「次氯酸鈉（sodium hypochlorite）」來消毒；而目前金門自來水廠各淨水場所使用之「次氯酸鈉」溶液為12%，足以使病毒失去活性，對於各配水系統出水也會再加強消毒，供水符合標準且安全無虞，請民眾不要過份擔優。
