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至於適用稅率，即施行日起算1年內存入外匯存款專戶時，稅率為8%、第2年存入則為10%，若投資產業，可申請退回先前繳納稅款的50%，亦即稅率有機會變成4%、5%。
而投資產業的產業項目等細項內容，則授權由經濟部擬訂，報請行政院核定，未來立法院是否調整稅率則有待觀察。在境外資金來源部分，目前對各地資金均一致公平對待，因此如大陸地區的資金匯回，亦適用上述稅率。
不過，資誠聯合會計師事務所稅務法律服務副總經理鄭策允提醒，由於此條例是就匯回資金免依所得基本稅額條例、台灣地區與大陸地區人民關係條例及所得稅法規定課稅，因此如該資金涉及遺產、贈與稅時，仍將依遺贈與稅法規定課稅，例如父親選擇依本條例規定課稅，將其境外資金匯回，惟其中部分資金存入以其子名義開立的專戶，如構成贈與稅課稅要件，則仍應依遺產及贈與稅法規定課徵贈與稅。
安侯建業會計師事務所稅務部營運長張芷則表示，台商可能會關切，如果走一般境外資金匯回與走此專法，其課稅及適用情況有所有不同，主要有4點差異。第一、在稅率方面：專法第1年稅率8%、第2年10%，如果投資特定投資，完成實質投資後還可申請退還50%稅款，意即第1年與第2年稅率分別為4%、5%；走一般匯回方式如非大陸地區來源所得，是核課20%海外所得的最低稅負，但要視每人申報狀況而定。
第二、在課稅基礎方面：專法是對匯回資金總額課稅，但走一般匯回，可主張匯回的資金是否有屬原始投資成本戓本金、逾核課期間的所得等，可扣除，即是按淨所得課稅。
張芷舉例說明若匯回資1億元，走專法第1年並符合規定可適用第1年最低到4%，應納稅額即為400萬元，但如走一般法匯回，假設原投資成本為8000萬元並可提出相關證明，其淨所得為2000萬元，假設此台商沒有任何其他所得，其會被課稅所得為2千萬減670萬等於1330萬元，再乘以20%為266萬元，反較專法的稅負低。
第三、在資金運用面：政院規畫的草案專法規定，匯回資金其中70%必須進行實質投資，另外25%可進行金融投資、5%可自由運用，匯回資金如果沒有立刻投資的規畫，必須存放在專戶5年內不得動用，第6年起才能分3年分批提領，每年限額1/3，即專法的資金遭嚴格控管，但走一般法的資金可自由運用。
第四、在申請程序面：專法規定實質投資須在1年內提出投資計畫申請並由經濟部核准，其中直接投資需在兩年內完成；若是藉由創投或私募股權基金進行投資，則該基金必須投資重要產業達一定比率，且投資時間必須滿4年，在規定期間內完成實質投資，才可向國稅局申請退回50%的稅款。
但如果未依規定提領運用資金，例如用來挪為他用或購買不動產，則需按稅率補繳20%的稅款差額。因此，張芷指出，如走一般法，主要就是在匯回時必須主張舉證有那些屬原始投資成本或本金，或那些屬逾核課期間之所得，有機會扣除後才課稅。
張芷強調，由以上分析比較可知，專法確實提供了台商另一條匯回之路，可預期鼓勵了台商回台投資之意願，但因各台商的資金運用情況不同，建議仍應依上述各方面審慎評估後，再行決定資金要走那條適合自身之路。
