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但時任美國在台協會（AIT）處長楊甦棣則強調，美牛不是科學問題，也不是健康問題，而是政治問題，這是總統要做政治決定的問題。就連陳水扁即將卸任前的看守其，美方都不斷施壓。當時，陳水扁請楊甦棣去問即將上任的馬英九，若馬可以，陳水扁就「共同承擔」一起宣布，但遭馬拒絕。
不過陳水扁酸馬，上任後還不是被迫要做出開放的決定，與美方簽署美牛議定書，只不過在立法院《食品衛生管理法》的修法時，遭朝野立委擋下，這也讓台美關係陷入危機。
陳水扁認為，這次蔡英文開放美豬、美牛叩關，或許如她在記者會所說，這是台美經濟全方位合作的重要起點，也是一個有效促進台美關係的決定，但蔡英文沒說的是，「她已經抗拒不了來自美方的政治壓力」。
