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柯文哲解釋，當時萬華感染，好不容易控制到一半，疫情趨緩好轉時，突然一個回馬槍爆發北農、環南市場群聚感染，當然他是醫療專業，給他一、兩天會發現問題所在，但後來發現跨縣市疫調有問題。柯進一步說明，當時以居住所在地縣市政府當主要疫調機關，寫疫調報告，結果發現北農、環南市場高達2/3的案例戶籍不在台北市，是在新北市，等到做好疫調傳中央，再等中央傳回來時已經慢2天，這兩天當中不曉得傳染多少人。
柯文哲指出，發現跨縣市疫調系統問題就要去解決，後來他馬上用非正式管道提名聯合醫院副總院長璩大成擔任疫調小組組長，因為他太太是新北市衛生局長，確保兩邊資料互通有無、很迅速，疫情其實很快就控制。
柯文哲表示，疫情最緊張、戰爭最激烈時，媒體上說中央要接管，他心裡想說怎麼可能、這要怎麼接管？後來又出現成立聯合前進指揮所，還有幾個禮拜前最有名「環南市場記者會」，後來才知道原來是要開記者會，不是要開會。
柯文哲強調，和王必勝認識很多年，是醫界好朋友，他是好人，我沒有針對他，還是要跟他說謝謝，「我的缺點我回去會改進，常常不高興就直講，這個我回去會改進」
柯文哲認為，不過對老百姓來講，疫情可以控制最重要，既然整個批發市場疫情已控制，其他不重要的事就算了，這是他個人要回去檢討、修養還要再進步一點。
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