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新規定一出，引發國小家長不滿，擔憂12歲以下學童未施打任何一劑疫苗，恐危害健康；各縣市做法也不一，雲林縣、臺中市等縣市，在國小或幼兒園停課都不跟隨教育部新標準、採用舊制，國、高中則按新制辦理。
臺灣學生聯合會與多所大專學生會18日發表跨校學生聯合聲明，認為校園場域流動複雜且匡列難度高，教育部現行規定過高、過於僵化，呼籲教育部給予各校停課的自主評估權限。
潘文忠表示，停課標準的調整，是在指揮中心強調以精準、合宜方式，匡列確診者足跡與相關密切接觸者的考量下，取代過去用學生人數方式，造成大規模無相關接觸者，也一併被停課的狀況。
他提到，新的停課標準做法是以班級為主要單位，若常態固定班級出現確診個案，師生均列為「密切接觸者」進行「居家隔離」，暫停實體課程，並進行後續檢疫處理；若類似高中選修課程，學生非長時間接觸，但考量到疫情防範，而暫停實施實體課程1至3天，後續配合疫調結果，再採行相關防疫。
對於學校大規模停課，他說，目前標準是高級中等以下學校達三分之一以上班級或全校達十班以上停課，大專校院則是達三分之一以上科、系、所的班組停課才會執行，各縣市多以這方式執行，若有進一步措施，應對所屬學校說明清楚，避免在執行上有誤解，產生臨時停課又復課的問題，並建議回到精準、合宜方式，進行有效適切防疫。
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