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學習歷程檔案是大學申請入學書面審查資料最重要的一部份，一般校系須採計至少20%，攸關升學競爭，包含基本資料、修課紀錄、課程學習成果、多元表現4大項目，教育部鼓勵學生定期紀錄，盼減輕學生在高三時一次性整理備審資料的負擔，並稱大學端著重學習經驗與軌跡、解決問題及反思的能力。
但高雄市新莊高中學生團隊做的問卷調查顯示，高中生對學習歷程整體施行滿意度平均僅4.35分（滿分10分）；64.2%的學生認為學習歷程檔案造成課業壓力、87.9%的學生不滿檔案大小限制、87.3%的學生不滿檔案上傳時間。對於製作過程的困境，85.8%不清楚大學端或教授們的期待、73.4%不知道該撰寫什麼內容（如選擇甚麼主題）、34.7%認為師長說明不清楚或未說明、37%不知道相關資源管道。
桃園市武陵高中學生團隊則引《親子天下》調查，有48.3%大學教授認為，學習歷程主題符合申請科系較易得高分。學生表示，自己高一時想讀社會系，到了高三改志向，想讀歷史系，檔案就得重做，即使知道「素養能力」是重要的，還是會刻意撰寫與想要申請科系相關資料。再加上學生過度追求精美的排版、美編，都造成學習歷程檔案實務上無法減輕學生壓力。
武陵高中學生建議，大學端在書審成績中引入他系教授評分，給予本系、他系教授不同權重，以加權平均的方式為學生的書審資料評分，可讓學生更重視素養能力，不用刻意撰寫與想申請科系相關的資料；讓全體高中生使用統一的架構和模板，讓學生僅專注於文字撰寫，真實表達自我。
台北市華江高中學生賴采翎表示，檔案上傳容量不足，學生還得附上QR CODE因應；因為使用台北市獨有的上傳系統，導致上傳時程不明確；學校沒有開設學習歷程相關課程，學生對製作內容感到茫然；高中教師對學習歷程了解程度不一、教學資源不同、非探究及選修課程難有成果產出；擔憂大學端未必細看且沒有給明確指引。
華江高中學生洪靖佳提到，現行檔案限制文件4M，影音檔10M，對於學生來說仍不夠，建議教育部增加可上傳的檔案大小；平常上學期間，高中生需要花較多時間應付課業，導致要做學習歷程時接近期末，但製作一份完整的學習歷程，少說也需要一周的時間，建議放寬學習歷程上傳期限；建議教師應保留一堂課指導學生如何製作學習歷程，並讓學生參考範本、互相觀摩，進而製作屬於自己的學習歷程檔案。
現場學生也發表意見提到，針對學習歷程檔案，大學端看重什麼，高中教師的意見與教授不同，且高中教師對於學習歷程有不同見解，建議教育部加強教師對升學考招與學習歷程制度的統一培訓。
南投縣竹山高中學生表示，自己來自偏鄉學校，教師對學習歷程檔案期望低，會建議學生把成績顧好，用其他方式升學，顯見學習歷程檔案的升學機制，在偏鄉與社區高中仍有落差。
學習歷程檔案審議計畫主持人、台大社會系教授林國明回應，學生擔憂修課、作品與申請科系對應不上，但大學端看重的是學生素養能力與特質是否與科系專業相關，以及就學動機等，而非具有專業知識，如法律系需要邏輯思考、表達能力，就會去看學習歷程展現出來的適配性。學生對學習歷程檔案恐有誤解，建議挑有興趣的科目做檔案，不要給自己太大壓力，呈現與申請科系相關的「素養能力」。
教育部國教署組長張永傑回應，教育部有檔案壓縮懶人包供學生參考；已建議學校在結業式結束2周後仍能上傳檔案，學校若要開放到下學期開始前，教育部也尊重；會輔導學校透過課程設計，協助學生完成作品，避免學生額外花時間製作，也會持續培力增能教師指導學生製作檔案；目前有些學校會利用課業輔導時間或彈性學習時間教導學生製作檔案，後續教育部會透過行政機制，處理此議題；將研議開發模版的可能性，希望以校為單位，透過學生經驗分享、校際交流等，開發出每校特色、非制式模版。
