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本次接受專訪時，面對記者詢問與太太的故事，薛瑞元靦腆稱「這個講了一來會很噁心，二來的話她會非常高興」，隨後笑到眼睛瞇成了彎月。「我太太是我的最大的支持！」薛瑞元太太是護理師，從他開業當婦產科醫師時，就在身旁陪伴他一路走來，薛瑞元會走上法律之路，太太更是幕後的主要推手。「當年報考台大法律系時，我說我若考上，我會和一些妹妹作伙去烤肉」，儘管如此，薛瑞元表示，太太也始終支持自己，後來跨步行政領域，太太也都全力相挺。
薛瑞元指出，父親便不大支持自己，往年還可以每年帶小孩出國玩，但到衛生署工作後，因為不能兼差醫療工作，收入變少，父親就曾問「你為什麼越讀越高，然後收入越來越少？」不過太太卻從來沒有抱怨過，認為生活過得去就好。
這2年防疫期間，薛瑞元雖不像防疫五月天時常在媒體前亮相，但也總是在防疫第一線，像是在2020年3月11日，2架武漢專機返台時，時任衛福部次長的薛瑞元便是現場指揮官，穿著防護配備，凌晨時仍在現場親自坐鎮掌握狀況。
被問及太太是否有過擔心時，薛瑞元透露，太太並未擔心，「不過她有怨言，每天為什麼要這麼晚才回家？」只是薛瑞元無奈說「事情就這麼多，那整個團隊每天都還要再開會，就是這樣子，那這些沒有做也不行」。
「反正妳就把他當作沒有這個人」，薛瑞元也真情告白太太，「我一定記得她，有她這個人，她不一定要記得說我這個存在，這樣生活會比較好過一點」，不過隨後薛瑞元也速速補充，太太還是蠻關心自己的。
至於會不會補償太太，薛瑞元坦言「不可能啦」，衛福部長不是只有管防疫，若是想補償太太，一定是要離開部長之後了。
