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1993年8月，王建煊與趙少康、新黨前主席郁慕明等人創立新黨，王建煊也兩度代表新黨參選，一次是1998年台北市長選舉，當時國民黨候選人是首度參選的馬英九，民進黨是競選連任的陳水扁，因藍營多支持馬英九，為避免泛藍分裂讓陳水扁連任成功，新黨決定棄王保馬，助馬英九當選，當時王僅得票4萬4452票，得票率僅2.97%。
到了2001年的台北縣長選舉，國民黨禮讓新黨，由王建煊代表泛藍參選，挑戰民進黨籍、競選連任的縣長蘇貞昌，兩人激戰，蘇貞昌最後小贏5萬多票，以87萬票比82萬票擊敗王建煊，連任成功。
2008年馬英九當選總統後，提名王建煊擔任監察院長，並獲立法院同意。但王建煊在監察院長任內，爭議言行不斷，例如批公務員裡一堆笨蛋、在辦公室談性愛技巧等等，甚至還說監委都是酬庸，指示監委要查大案，不要查「小屁屁」的案件。2013年，19位監委簽署聯合聲明，嚴辭譴責王建煊羞辱監察院，監委發表聯合聲明譴責院長，在監察史上相當罕見。
王建煊是虔誠基督徒，常在士林靈糧堂佈道，他對自我道德相當要求，連一般不帶賄賂性質的禮物都不收，被新黨同僚稱為「王聖人」，擔任監察院長後也一度備受期待，不過王建煊進入監院後卻與其他監委不合，在政壇顯得格格不入，也讓他從財政部長任內累積的光環迅速褪去。
離開監院8年後，王建煊宣布參選總統，認為明年總統大選，要有「統」立場的候選人。即使不論「統派」在台灣還剩多少支持度，同為統派、要參選總統的政治人物，還包括中廣董事長趙少康、孫文學校校長張亞中，趙少康砲轟民進黨砲火猛烈，張亞中論述有其學術基礎，王建煊要在「統派」候選人中爭取選民支持，困難度相當高。不過這也正是王建煊從政以來一路的風格，只要自認對的事，無論困難多高，都會一直堅持下去。
