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但自去年10月底至今年3月，已經有超過1700萬隻雞遭到撲殺，死禽數已經超過預期，地方政府坦言已沒有足夠的土地來掩埋死禽。目前日本除了考慮將處理死禽的方式改為焚燒，日本農林水產大臣表示，目前正在考慮實施撲殺單一雞舎的辦法。
但為了防止感染擴大，照料雞舎的人員以及設備安排都必須獨立，勢必會增加成本。北海道大學研究所教授迫田義博表示，若是能人員以及設備安排分開，並徹底執行衛生管理，可以降低各個區域感染風險。但是光是設備整備以及雇用新的工作人員，必然會增加花費，因此國家也得思考補助方案。
由於遭到撲殺的雞隻大多是蛋雞，相當於日本全國蛋雞減少了一成以上，雞蛋價格也因此飆漲。1公斤雞蛋要價350日圓，比起去年貴了約1.7倍。有民眾坦言，」實在是太貴了，持續維持這個價格，會讓人猶豫要不要買。」另外也有超市業者表示，以前每個禮拜會進行兩次特賣，現在完全沒有辦法這樣做。而且每天進貨量也減少到先前的五分之一。
在缺蛋的影響下，許多餐飲企業都暫停銷售蛋類商品，或提高相關商品的價格。近來接連有業者開發出「植物蛋」，除了使用紅蘿蔔跟白腰豆製作而成的「替代蛋」之外，還有新創公司開發出混合豆漿之後，能有一般雞蛋口感和味道的蒟蒻粉。
報導指出，像這樣的「植物蛋」過去是提供給對雞蛋過敏的民眾食用，但現在也收到越來越多的零食業者或加工食品廠商詢問，一個月約有100件，比起去年年末增加了20至30倍。
