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此次三讀通過的農業部共設有8個三級行政機關、7個三級試驗研究機構，8個機關包含農糧署、漁業署、動植物防疫檢疫署、林業及自然保育署、農村發展及水土保持署、農田水利署、農業金融署、農業科技園區管理中心；7個機構包含農業試驗所、林業試驗所、水產試驗所、畜產試驗所、獸醫研究所、農業藥物試驗所與生物多樣性研究所。農業部本部則設有8司6處，包含綜合規劃司、農民輔導司、畜牧司、農業科技司、國際事務司、資訊司，另新成立資源永續利用司和動物保護司。
因應氣候變遷加劇、國際環境快速變化，對農業生產和需求產生重大影響，農業部將強化組織功能及衡酌農業整體產業規劃所需，打造韌性農業，讓農業永續發展。因應2040農業淨零目標、健全糧食安全體系、保護農地及利用發展，及實現農業多功能價值，因此成立「資源永續利用司」為專責單位；為確保陸域重要生態系及生物多樣性完整、強化森林及自然碳匯，並永續分享森林生態系服務價值，將林務局改制為「林業及自然保育署」；為建構永續發展的農業環境與新農村，並因應氣候變遷挑戰，加強推動治山防災與土石流防災應變與監測等業務，因此將水土保持局改制為「農村發展及水土保持署」；為落實寵物管理制度、強化動物福利，增設「動物保護司」專責辦理動物保護業務；另推動農業資訊整合規劃及資訊安全與服務，以強化農業數位轉型，將資訊中心調整為「資訊司」。
農委會升格農業部後，將更致力落實氣候變遷之農業調適及淨零排放政策、增進農村規劃及發展、健全糧食安全儲備機制、推動全民食農教育、強化動物福利及全國自然保育、落實寵物管理、推動農業數位轉型、增進農民福祉措施，全面打造韌性農業、提升農業發展的創新動能。
至於農業部首任部長是否將由陳吉仲接任，陳今日接受媒體聯訪時則說，這是總統與行政院長職責，目前農業部掛牌時間未定，但會力拚年底前正式掛牌。
