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不過，行政院副院長鄭文燦等官員對於陳吉仲請辭一事抱不平、認為陳吉仲受了委屈。對此陳吉仲接受媒體聯訪時表示，他不認為自己受了委屈，在農委會、農業部的7年多來，遇到很多似是而非、抹黑造謠的事情，但都不會比他為農漁民做事重要，所以他每天都充滿鬥志、充滿正能量，也為做出績效深感為傲。
陳吉仲也提到，外界不需要將他的去留與在野、執政黨之間的政治攻防多做聯想，他是農家出身、在大學教書，無黨籍、無派系，是非常單純的人，這些紛紛擾擾他都不懂，原本相信只要專業在，國家就會往前走、只要花心血，就會被人看到，所以沒有把時間花在對不實的抹黑攻擊做有效回應。
對於明（20）日以後的安排，陳吉仲說，他來自中興大學，明天就會回到學校，而學校是他非常喜歡的工作場所，過去也做了很多研究、刊登氣候變遷的論文在國際期刊，教授的項目是艱深的數學、高等統計等，都是他喜歡的。
但陳吉仲提到，往後他還會提供一個服務，作為教授，他一樣會在農業部門、農漁民團體需要的時候，為大家來對抗不該遭受的、專業以外的攻擊，「你們不會因為我走了而孤單」，他也歡迎到台中拜訪他的人，和他分享他種的地瓜葉。
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