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在收費對象部分，收費辦法規劃以應盤查登錄及查驗溫室氣體排放量之排放源，且全廠（場）之直接排放及使用電力之間接排放，其溫室氣體年排放量合計值達2.5萬公噸二氧化碳當量以上的電力業及製造業為收費對象，前述對象需依「溫室氣體排放量盤查登錄管理辦法」規定，將113年全廠溫室氣體排放量，於114年4月底前完成盤查登錄，再依收費辦法規定於5月底前採網路申報方式申報碳費，並至指定金融機構繳納費用。
環境部補充說明，收費對象在計算碳費時，需將前一年度的溫室氣體排放量乘上中央主管機關公告的收費費率，就可算出應繳納的碳費金額，另外，電力業申報碳費可檢具電力消費之排放量證明文件於申報碳費時扣除其排放量。對於碳費的查核、補繳及追繳，收費辦法也授權主管機關執行碳費查核作業時，可通知事業限期提供碳費申報相關資料，經查核發現有未繳納或未足額繳納時，應向收費對象追繳或通知其限期補繳碳費。
國內減量額度申請排放量扣減方面，環境部說明，國內減量額度包含自願減量專案及抵換專案取得之減量額度與先期專案減量額度，目前規劃先期專案減量額度僅可使用於113年及114年之排放量扣減，但各類型專案之減量額度扣減比率及上限則尚待與各界討論確認後訂定。
此外，環境部表示，使用國外減量額度可以有一定比例扣抵碳費的規定，目前參考國際碳費抵扣的相關作法，明文規定用於抵扣碳費排放量的國外減量額度，需經中央主管機關認可後方可使用，且設定其上限不得超過需收費排放量的5%，收費辦法也將因天災或其他不可抗力事由展延規定、資料保存年限、碳費溢繳退還、停歇業結算及委託授權專責機構等行政作業規範納入條文之中。
