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海保機的黑盒子（飛行數據記錄儀）已經找到，日航的則還在尋找中。根據目前曝光的通聯紀錄來看，當時塔台允許日航班機降落，同時通知海保機在跑道旁待命，但海保機似乎誤以為獲得進入跑道的許可。不過，整起事故發生的原因仍待專案小組進一步調查釐清。
此外，日航已開始著手向機上367名乘客支付賠償金，有日本網友在X上透露，稱自己已經接到日航聯絡，被日航的處理速度之快給嚇到。據該網友說法，乘客若行李全毀將會得到20萬日圓、約新台幣4萬4千元賠償，回程的交通費也能夠申請。網友紛紛在底下留言大讚，「感謝日航的迅速反應，從今以後我只搭日航」、「在這種時候，就會意識到選擇日航而非廉價航空的好處」。不過，日航僅證實已開始洽談乘客賠償，並未透露具體金額。
日航強調，所有機上人員能夠平安撤離，機組人員接受的訓練發揮很大作用，當時機上9名空服員及3名駕駛艙人員，等到乘客全數疏散完畢後才撤離，且疏散過程由於廣播系統受損，只能使用擴音器，但機組人員還是克服了條件的困難，完成了使命。
