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2005年林佳龍獲民進黨徵召參選台中市長,不過敗選,之後他也擔任過總統府副秘書長、民進黨秘書長,2010年他原本要再挑戰參選台中市長,但最後民進黨徵召當時的民進黨秘書長蘇嘉全。2012年首度參選立委並勝選,但立委任期只當了2年多,又參選台中市長,終於如願當選。
不過林佳龍的台中市長也只當了一屆,2018年民進黨在九合一大選慘敗,林佳龍也交出台中市長寶座,接著內閣改組,林佳龍轉任交通部長。但在交長任內爆發太魯閣列車出軌事故,釀49人死亡,林佳龍負起責任請辭,結束2年3個月任期。
2022年九合一選舉,林佳龍原本有意參選台北市長,不過民進黨最終徵召他參選新北市長,最後慘敗給侯友宜,輸了近46萬票。選後林佳龍擔任總統府祕書長迄今。