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但傳出賀陳旦對這項建設相當保留，認為山手線預算高達926億元，且沿線人口不足，消極的態度引發蔡其昌等立委不滿，還聯名透過管道集體向總統府反應。甚至傳出蔡英文對此相當生氣，在內部會議中揚言撤換賀陳旦，行政院長林全幫賀陳旦緩頰，才使現場氣氛比較緩和。
報導也提到，近半年來交通部接連出包，如取消國道連假夜間免費、橫向不收費、桃園機場淹水、華航罷工、中客團火燒車與興航解散，且各項問題的後續處理皆和府院採不同立場，讓府院高層相當不滿，有黨政人士直言，持著本位主義的賀陳旦正不斷考驗高層對他的耐性。
對此，黃偉哲說，從高速公路ETC夜間收費，一直到賀陳的堅持，好像在跟全民作對，甚至交通部一個不成熟的研究案，所謂國道擬取消20公里免費里程，都可以鬧成一個新聞，重創政府形象，就不知道交通部在幹麻。
黃偉哲表示，國道擬取消20公里免費里程，這個是很單純的研究案，交通部的回應好像是煞有其事，馬上就要推動的樣子，讓人嚇出一身冷汗，連執政黨立委都很難為，雖然賀陳不是跟總統或黨團來作對，但可能是跟他槓子頭的個人行事風格有關。
國民黨立院黨團書記長江啟臣則說，賀陳旦一向以專業自居，包括堅持取消國道連假夜間免費等爭議性問題，賀陳都堅持專業，不見得跟民意站在一起，但他應該要說清楚為何不要，如果堅持是有道理、認為是更好的選擇，就應該勇敢出來說清楚。
