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除此之外，量化指標過多、過細，造成學校將手段與目標錯置，由目標導向轉變為指標導向，忽略教師教學與學生學習的實質改善。學校為追求排名衍生出已論文點數進行教師評鑑或獎勵、論文浮濫掛名增加論文量，甚至部分學校商業化操作等現象，不利高等教育學術發展。
以及過多KPI，管考頻繁，增加學校及教職人員行政負擔，耗費行政資源。績效或審查指標未能針對不同裡用多元設計（含審查委員遴聘）且多有重疊，許多大學由原來學校發展的目標，逐漸轉變為配合考評指標中的項目。以上六大問題都是教育界過去的錯誤。
而教育部預計於107年高教深耕計畫，預定於今年3、4月提出各項標準，依目前規畫草案，高教總體目標將由以前以大學為主體，改成以學生為主體，包括四主題：「培育高強素質人才，推動高教國際發展，強化創新創業系統，以及促進在地連結發展」。
潘文忠強調，學校的發展計畫不是切好幾塊，應有核心計畫，未來希望各大學有自己的發展特色，提出自己學校的特色計畫，讓大學更具有自主性，培養出特色學生。
