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伊斯蘭祈禱團又稱為回教祈禱團，是一個尋求在東南亞建立獨立國家的回教基本教義派武裝組織。其活動範圍遍及印尼、新加坡、汶萊、馬來西亞、泰國南部及菲律賓等東南亞國家。儘管該組織領導人於2005年11月9日被印尼警方擊斃，但是印尼仍身處恐怖威脅中。
印尼人口約2.5億人，為全球人口最多穆斯林國家，由於社會貧富差距、官僚貪污嚴重等問題，使得許多不滿現狀的穆斯林加入恐怖組織。印尼反恐部門官員2015年曾表示，大約有300人前往中東參加伊斯蘭國組織，這些人返國後受到監視。
此外，印尼在1998年亞洲金融風暴爆發後，經濟不佳，而一連串恐怖攻擊創傷印尼經濟、觀光業，部分外資也曾一度撤離，如此惡性循環使得印尼反恐部門資金短缺、人力不足。上述原因讓印尼成為美國在東南亞進行反恐行動中最薄弱的一環。
