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兩成的保障經費，會是各校規模給予，校校都能拿到，這是保障學生受教權的一個方式，另姚立德也指出先前大學校長擔心年改恐導致攬才不利，透過此次計畫，也給予各大學空間，可將經費的20％作為人事費或是攬才的彈性薪資。
至於競爭型經費，姚立德則表示，此次各校提出的計畫，需至少使用 50％的經費用在教學上，且計畫書中應依照各校特色提出不同的目標方向，並指出如何利用經費引導學校向上。
高教司長李彥儀補充，此次大學競爭經費只要繳交一份計畫書，內容主要還是如何教學創新、促進教學等，而後再補充其餘計畫的目標及發展想法。李彥儀強調，整個高教深耕計畫是配合學校中長程計畫加強補助，若學校只是為了來爭取經費而做了一個大轉變，教育部會思考該校是否能達到計畫而斟酌給予經費。
