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曾文生表示，政府近年來編列特別預算治水，包括易淹水地區水患治理計畫（95-102年）1160億元、流域綜合治理計畫（103-108年）660億元，以及前瞻水環境建設之縣市管河川及區域排水整體改善計畫（106-113年）第一期53億元，合計1873億元，外界將前瞻水環境計畫不屬於治水經費計入，顯然有誤。
面對外界批評治水不利之說，曾文生指出，0823熱帶低壓台南市的淹水面積6215公頃，相較於98年莫拉克颱風淹水面積55000公頃，已大幅減少，「治水不力之說，似乎太沉重且欠公允，治水需要採取多元方式，請給水利單位多一點時間，水利署會在兩周之內提出檢討報告。」
水利署長賴建信也解釋，治水計畫經費核定是依據綜合治水規畫成果，並綜合考量淹水面積、損害程度、保護對象等因素核定各縣市治理經費，計畫的實質專業審查、工程施工的品質研考控管等，都有嚴謹程序，這次淹水災害，將盡速完成檢討，滾動調整經費以確保計畫經費用於刀口上。
