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應變小組表示，農委會除已要求全國地方政府兩日內由首長主持召開監控處理小組會議外，各地經過分子鑑定確認的農田已有苗栗、嘉義、宜蘭和台東四縣市，由於防疫關鍵期分子鑑定緩不濟急，已依形態鑑定啟動緊急防治。據應變小組統計，至14日民眾通報形態鑑定符合共39個個案，陸續依照焚燒及掩埋的兩項防疫作法，杜絕秋行軍蟲擴散，而一旦在臺灣本島發現成蟲，則依標準作業程序採行強制施藥防治。行政院長蘇貞昌指示，受害農地補償從優從速，應變小組今也提供補償基準，將依照作物生產成本從優計算，供各縣市政府計價參考。
秋行軍蟲肆虐農田不分慣習及有機農法，但有機耕作業者，針對農田受害可能噴藥，影響農田有機狀態有所疑慮，農糧署也特別指出，《有機農業促進法》授權子法中，新增規定「為維護公共利益，因應政府辦理整體防疫防治工作，而必須使用防治可使用物質清單以外之合成化學物質者，農產品經營者應事先通知驗證機構相關施作範圍、藥劑、方式等，由驗證機構判定管制範圍及管制期間，於管制期間該管制範圍內之產品不得以有機名義販售。」
因此，有機農友倘驗證田區因配合秋行軍蟲防疫防治作業使用化學藥劑，會由驗證機構按實際作業範圍作暫時性管制，但最終不影響農友驗證資格。農糧署也說明，本次秋行軍蟲防治所使用的氰氮化鈣（烏肥）為化學肥料產品，非有機農業允用資材，但因配合防疫需要則可適用上開規定辦理。
