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然而，2008年遠航爆發財務危機，5月13日暫停營業，到了2009年4月，台北地院裁定遠航破產重整，該公司股權由樺福集團董事長張綱維以私人名義挹注資金，成為遠航董事長。
2015年，台北地院裁定遠航重整成功，恢復正常營運。2017年該公司與北歐航空資金 （NAC） 簽約租貸4架ATR-72-600雙引擎螺旋槳客機。2018年5月該公司表示，預計2020年初十架ATR客機交齊，將可充分滿足國內線需求，MD客機今年8月起陸續退役。
12月初，民航局因為遠航今年3月份取消的班機太多，遭民航局重罰200萬元。其實，遠東航空去年就因取消大量航班，遭民航局重罰300萬元，今年又因連續2個月航班取消比例過高而被開罰200萬元，成為因航班數取消被罰總金額最高的航空公司。
遠東航空曾經是台灣最大的國內線航空公司，但2008年的財務危機後，雖然經過重整，但營運狀況一直不甚理想。2017年及2018年的更屢屢因為取消航空遭民航局重罰，回首過去，真有「眼看他起高樓、眼看他宴賓客、眼看他樓塌了」的感慨。
遠東航空大事記：
1957年 遠東航空成立
1962年 開闢台北到高雄航線
1970年代 台灣最大的國內線航空公司
1986年 創辦人胡侗清去世
1993年 獲准經營國際包機業務
1995年 中華開發及南山人壽集團取得遠東航空經營權
1997年12月 股票上櫃
2008年2月 爆發財務危機
2008年5月 暫停營業
2009年4月 台北地院裁定破產重整
2009年10月 張網維入主遠航
2011年4月 遠航正式復航
2015年10月 台北地院裁定重整成功
2017年2月 租賃ATR-72-600機隊
2017年7月 首架ATR交機
2018年4月 因取消班機過多，遭民航局裁罰300萬元
2019年5月 因取消班機過多，再遭民航局裁罰200萬元
2019年12月12日 宣布停業
