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不過合併案引起部分學生疑慮，日前發起絕食抗議清大前學生會長徐光成質疑，最後送交教育部核定的合併計畫書，並非校務會議最後核定的版本，清大校方獨裁推動合併，罔顧學生意見。
教育部高教司科長曾新元回應，合併案的程序是經過兩校校務會議通過後，教育部會基於行政指導的需要，建議校方對計畫書做出修正和調整，程序上沒有不正當，但教育部願意再作檢討，學生提出訴願及訴求，教育部將依法代轉上級機關行政院。
清大校方表示，合併內容資訊全部都公告在網路上，合併案於今年4月經校務會議審查通過，報教育部核定後，依教育部的審查意見補充說明，做「執行技術上之修正」，合併計畫沒有實質上的更動，學校會持續跟學生溝通。
