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勞資雙方於4月17日第三次調解破裂後，交通部立即責成民航局自4月19日起成立應變小組，由民航局局長擔任召集人，督促長榮航空及協調有關單位擬妥應變計畫及因應方案，迄今已開過4次應變小組會議。
針對罷工對國內航線運能可能造成影響部分，交通部表示已協調其他航空公司盡力協助疏運，並將視情啟動ABC疏運應變計畫，請航港局協調海運業者加開船班，並適情請國防部調派軍機協助支援，另請觀光局就團體旅客部分協助轉知旅行社預為因應，各航空站就大量旅客滯留機場情況先行演練，同時協調航警局協助於罷工期間維持機場旅客秩序，務將罷工事件對旅客之影響降至最低。
交通部進一步表示，民航局對長榮、立榮航空85條國際航線，以及國內本島、離島航線航班均有分析掌握，隨罷工情勢升高，該部已成立跨部會應變中心，先期將由王國材政務次長擔任指揮官，並將視情勢升高情形由林佳龍部長親自擔任指揮官，目前已訂於6月10日召開應變會議，勞動部亦指派適當層級主管擔任副指揮官，應變中心「航班調度及旅客服務」、「場站服務」、「旅行業務」及「勞資協調」四大任務分組將報告應變準備情形，全力保障旅客及相關業者權益。
