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而台灣在1月21日出現首例，一名女台商從武漢回台後，確診感染武漢肺炎，1月24日又公布2個確診個案包括在台灣旅遊的1名女武漢旅客及自武漢返台的男台商，但隔天男台商就被爆出返台後還趴趴走，還到高雄金巴黎舞廳，因舞小姐身體不適詢問台商後通報。
為了防堵武漢肺炎疫情擴散，台灣疾管署也在1月26宣布全面禁止陸客來台，同一時間加拿大也出現確診個案，台灣確診病例也增為4例，而加拿大在隔日則出現了第5案例。
1月27日台灣確診病例增為5例，為一名中部50多歲女從武漢返台五天發病，但與首例是同班機返台，但因座位相隔20多排，中央流行疫情指揮中心研判在武漢被感染的機會較高。
1月28日，中央流行疫情指揮中心下午又再公布2個確診案例，是同樣來台自由行的武漢旅客，同一天晚間再公布第8例確診個案，即是第5例個案的丈夫，也成了台灣第一起的家戶感染，指揮中心也將中國大陸旅遊疫情建議，提升到第三級「警告」。
為了有效掌握確診個案的接觸者，1月29日開始，中央流行疫情指揮中心宣布開始用電子監控的方式，發放手機來定位追蹤，並且每日以電話或視訊方式，關懷居家隔離的民眾。教育部也宣布，陸生延後到2月9日後入台。而中東地區也淪陷出現首例確診病例。
1月30日台灣確診增至9例，是1名居住在中部的40幾歲的婦人，先生在武漢工作，在返國後，到醫院看診以為是感冒。而經過9天休伂的台股也在這天鼠年首開市，受到武漢肺炎衝擊，台股盤中重挫700點，收盤仍大跌了696點，創史上單日收盤最大跌點，而政府也宣布釋出400萬片口罩。
不過，武漢肺炎疫情並沒有趨緩，在全球持續擴散，台灣在1月31日也公布第10例確診病例，為第9例在武漢工作返台的先生，12日回台後數日出現咳嗽、流鼻水等症狀，但因症狀輕微，並不符合當時的通報條件，醫療院所也未檢驗，不料妻子確診，一追才發現被丈夫感染可能性最大，回頭採檢發現先生體內仍有病毒。
2月1日中央流行疫情指揮中心也將廣東省列入二級流行地區，同時宣布由政府徵收配發至超商等通路的醫療用口罩，也從原本一片8元降至6元。
由於溫州也宣布封城，2月2日台灣也再將溫州列二級流行地區，同時中央流行疫情指揮中心也宣布，高中以下開學時間也延後至2月25日，而為了因應多出來的14天延長假期，勞動部也宣布當12歲以下學童且家長有親自照顧需求時，可以請「防疫照顧假」，雇主一定要准假，不准視為曠工或用特別休假處理，雇主也不可扣發全勤獎金或其他不利處分。
