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在港務公司總公司部分，高層管理層級皆有處分，除歷任董事長除吳宗榮請辭獲准、負起政治責任外，經參酌運安會調查報告，歷屆董事長蕭丁訓、張志清、吳盟分由書面警告加重為記過1次，前董事長吳宏謀因任期僅9個月，為記申誡2次；現任總經理劉詩宗在內的歷任總經理，皆被記過2次，現任總經理陳劭良事發時任期僅4個月，故記過1次；歷任總工程司、工務處長、副處長等人，皆被記申誡1至2次。另外，航港局督導不周，航港局歷任局長黎瑞德、祈文中、謝謂君包括也均記申誡2次。
交通部表示，蘇澳港屬航港局北部航務中心轄管，並由航港局港務組委託港務公司辦理商港公共設施興建維護，因此，歷任北部航務中心主任、簡任技正、科長，因監督不周故分別被記過1次；航港局港務組因委託港務公司辦理商港公共設施興建維護，所以歷任組長亦被記申誡1次至2次懲處。其中，現任航港局副局長劉志鴻，因曾擔任北部航務中心主任，故記過1次；現任副局長陳賓權，雖曾擔任港務組組長，但因僅半年故被記申誡1次。
前蘇澳港營運處資深處長王坤池，未能督導屬員完善交接事宜，亦未積極確認本橋檢測維護重點，記大過1次。馬肇南於97年至102年擔任蘇澳港營運處工務課課長、工務科經理，因於87年主辦南方澳大橋會驗及財產點交工作，記過2次；歷任工務科經理黃維力、鄭智中則分別被記過1次、申誡1次。
交通部在事發後為釐清及檢討維護及管理責任，由航政司會同人事處、航港局、港務公司查察維管責任、違失事實，在去年11月完成「檢討報告」，並提出懲處建議名單，但交通部長林佳龍認為檢討報告僅調查檢測及維管責任，未深究事故原因，難以釐清責任及究責範圍，在後續港務公司、航港局、公總分析調查報告，並參酌運安會事實資料報告，決議加重懲處後，於今日正式核定重新提出。
