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全國私校工會理事長尤榮輝指出，台北政經學院這種首創的辦學模式有幾項爭議仍待釐清，包括法律是否授權國立大學可以將教育責任以契約方式外包給民間機構？台北政經學院的師資聘任、學費及財務若自成體系而不受法令和清華大學監督，如何確保其辦學品質？開放大學以契約方式外包教育，在制度未建立前，將來是否會淪為學店？
台灣青年民主協會理事長張育萌說，台北政經學院以「校中校」的方式成立，等於告訴大家「只要財團有錢，沒有什麼是買不下來的」，財團透過資金在校園裡圈地，更透過行政人事的安排，假藉大學自治之名，行政商勾結之時，教育部和清華大學應該要清楚向社會說明，處於灰色地帶的台北政經學院如何被監督。
對此，清大回應，台北政經學院基金會已說明，目前30億的捐款已全數捐入該基金會並完成信託，捐款人只負責捐錢、不會參與學院運作。基金會的功能則是負責管理基金，每年定期撥孳息的85%以上支持清華大學台北政經學院辦學，募款來源並不侷限單一，也將爭取獲得其他捐款。
而針對「校中校」質疑，校方表示，其實清華大學現有的10個學院，每一個都是校中校！政經學院能做的，每個學院也能做，並沒有差異。大學法修訂後規定「大學設學院，得設系所」，改變了傳統大學以系所為運作單位的做法，是因為社會更為多元、國際競爭更激烈、大學的責任更繁複，系所無法承擔。清華大學是以「院核心」的理念來運作，各學院在招生選才、學位授予、彈性薪資、甚至研究生的學雜費訂定方面，都可以有自主而不同的做法，已經行之有年。
至於台北政經學院的教師聘任是否依循教師聘任程序，清大強調「當然是」，與其他10個學院一樣，必須完全符合教育人員任用條例以及本校專任教師初聘辦法，也都必須經過院教評會及校教評會審查。
最後校方表示，國立清華大學辦學始終堅持學術獨立自主，不受學校任何一位捐款人的外力影響，也希望政治人物不要來干涉本校辦學，維持大學學術與教育的乾淨空間。
