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到了1985年，她在紐約成立了聯合生物醫學公司（UBI），1998年，接受時任工業局長尹啟銘邀請，獲得行政院開發基金（現國發基金）與經濟部支持，回台成立聯亞生技。
從股東結構來看，聯亞生技最大股東是王長怡自創的UBI，持股約6成，剩下的四成股權分別為國發基金（20%）、台糖（10%）與耀華玻璃（10%）。換言之，聯亞生技有高達四成的官股。
但由於生技產業投入大、產出慢，聯亞生技透過代工生產藥劑支撐龐大的研發經費。到了2013年，台塑生技董事長王瑞瑜與聯亞生技展開合作，首先，聯亞生技以產品線分割，將單株抗體產線分割出了子公司聯合生物製藥（聯生藥），2014年也將非單株抗體、小分子藥產線，分割出另一家名為聯亞藥業（聯亞藥）的子公司。這兩家子公司的第二大股東都是王瑞瑜的台塑生技。
在新冠肺炎疫苗的開發過程中，王長怡曾接受多家媒體專訪，她表示，聯亞的競爭對手不是高端疫苗，她認為聯亞從一開始打得就是「世界盃」。
在疫苗的開發中，聯亞疫苗是怎麼設定分工呢？據瞭解，王長怡安排子公司聯生藥負責蛋白質原液的生產，另一家子公司聯亞藥負責疫苗後段的調配、充填、包裝與出貨，母公司聯亞生技則負責執行後續的二期及三期臨床試驗。
由於對旗下的新冠肺炎疫苗，以及相關產品有信心，再加上後續的三期臨床試驗也將是成本很高的，王長怡接下來也有相當的資本市場規畫，除了旗下的聯亞藥於6月23日上興櫃外，美國的UBI公司，透過新成立的COVAXX疫苗開發公司，將啟動那斯達克掛牌計畫。子公司聯生藥因公司登記在開曼群島，目前規畫到香港掛牌。
值得一提的是，聯亞藥興櫃掛牌交易第一天，以30元登錄興櫃，開盤報37.5元，隨後向上衝高，開盤近1小時最高報220元，盤中漲幅一度超過633%，最終收盤時，股價來到215元，漲幅達573%。第二天，聯亞藥的股價更一度上衝到300元，也引起金管會注意，表示將進行調查。
