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在海洋生物的研究上，生命科學系開設了的鯨豚相關課程，以鯨豚中心的場域進行與海洋保育署合作的「南部海洋保育教育中心」工程的進行，預計在年底完工，屆時將會有博物館等級、完整的鯨豚保育教育展示場域，推動海洋保育教育。也由於近年來鯨豚擱淺數目較多，鯨豚中心除了365天不停歇地在進行鯨豚骨骼樣本處理之外，針對不同腐敗程度的鯨豚樣本，研究上是計畫的進行樣本的病理、組織學、甚至是發育生物學的領域探討。
另一方面，在歷年活體救援任務進行時，救援池中水質的即時監測與控制，關係到鯨豚的感染控制與身體恢復，在水質監控部分的研究，也已經與海洋委員會的國家海洋研究院(簡稱國海院)，進行了即時監控參數監測與水質循環與控制系統的改善，逐步的提升救援醫療場域所需的感染控制；同時間，成大鯨豚中心也積極與國海院合作，進行台灣周圍海域，定點水質採樣的環境遺傳物質分析的合作議題。
