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農業是該項技術的兩大重要應用領域之一，最近使用基因組編輯技術改良作物的案例呈指數增長，基因編輯已成為幫助生物體適應氣候變化或幫助減輕氣候變化對農業影響的重要方法，在農業領域應用越來越廣泛，尤其作物的基因組編輯比動物的基因組編輯發展得更快。目前已有70多種基因編輯農漁產品（如抗褐化的蘑菇、抗旱的玉米、抗條紋病毒 (BSV)香蕉、無麩質小麥、增加4~5倍γ-氨基丁酸的番茄、油酸含量超過80%的大豆可食用肉量增加1.2~1.6倍的真鯛、提高養殖存活率的白腹鯖、快速生長的虎河豚、用於食品和醫療用途的GalSafe豬等等）。基因組編輯商品上市首先要面對的是國家的監管政策，由於基因編輯只改變作物原來的部分基因，不導入外源基因，美國及日本政府認為基因編輯並非基改，安全性方面與傳統品種改良沒有差異，不用像基改食品那樣接受安全性審查，也無須在食品上強制標識是無使用基因體編輯技術，但在歐盟則從嚴管制基因編輯農作物，仍須經過與傳統基改植物相同的審批程序（歐盟對基因編輯管制已有鬆動的跡象），英國政府則在脫歐後對於開放基因編輯應用於食品持開放態度。
經過基因編輯後的食品行銷關鍵，在於消費者的接受程度。近期有研究指出消費者普遍對採用CRISP或基因工程食品的評價相似，皆遠低於傳統食品，恐不利於該產品的行銷；日本民間機構針對消費者對基因編輯意向進行問卷調查結果，約有60％的受訪者不清楚何謂基因體編輯技術，80％受訪者不想食用經過基因編輯後的食物，也有人擔心會發生所謂的「脫靶（off target）變異情形如「無角牛」案例」，認為目前無法證明基因編輯是安全的，且許多消費者在購買或消費食品時，可能無法區分基改和基因編輯；南韓針對消費者對基因編輯食品與基改食品的接受度進行調查分析發現，與基改因食品相比，消費者更傾向於接受基因編輯（過去調查發現大約 50% 的受訪者認為基改食品對健康構成威脅，大約 80% 的人認為應該對基改食品進行監管），且對新技術的接受程度與消費者的科學知識程度密切相關，這凸顯了披露技術相關信息的重要性；台灣消費者對基因編輯食品的了解亦相當有限，政府有必要加強教育和宣導，對外傳達出正確的資訊。
基因編輯可為開發中國家提供種植作物的機會，無須從大型跨國公司購買昂貴的種子。可預期未來基因編輯技術，將更廣泛運用在農漁業育種創新、提高經營效率和增加利潤，中國大陸科學家已成功將CRISPR 基因編輯技術，應用到中國最主要的兩種糧食作物—水稻和小麥，未來中國大陸需要CRISPR修飾的農作物，為其龐大的人口提供足夠的糧食，已經發布了基因編輯植物批准的試驗規則（2022年农业转基因生物监管工作方案），為加快作物改良鋪平了道路，而歐洲研究人員則受到額外的成本、繁重的行政程序和某些實驗限制等影響，無法進行基因編輯作物的田間試驗，已影響歐洲生物經濟發展。目前對於基因編輯農漁產品，是否需要與傳統的基因改造產品一樣，進行較為嚴格的管理與規範，國際間尚無定論，臺灣對此亦存在爭議，基於法規應建立在最佳可用科學證據的基礎，而不是基於先入為主的偏見，蔡政府應該積極推動相關的科研和人才培育，並尋求共識（可考慮採「分級管理」方式），儘快訂定該項新興育種技術的相關監管規範並加以落實。基因編輯的風險雖不能降到零，但可以通過正確的政策和監管方法顯著降低風險。
近年來全球生物技術產業呈現加快發展的態勢，並逐漸轉化為產業優勢，中國大陸正積極推動基因編輯產品產業化，若能在政策及法規的獎勵下，企業初創公司將樂於投資，將帶動基因編輯新一輪的研發與投資熱潮。鑑於農業生物育種技術研發應用水準，已成為衡量一個國家農業核心競爭力的重要指標。然而基因編輯技術要想比其他技術更加有效，需要依託基因組學、合成生物學、代謝工程、基因組選擇、傳統植物育種和動物選擇的互補發展，未來須著重在研發、政策及治理、這需要相當的資金與人才；同樣基因編輯技術也成為新的國際科技競爭點，美國於最新發佈的《關鍵和新興技術（CET）清單》中，納入生物技術，持續的技術改進和對未知基因功能的更深入了解，將促進新基因組編輯作物未來的發展及其商業化。
蔡政府面對產業競爭若只會靠給錢來安撫農民而不是對症下藥，短期或許有效，但長期下來不僅無助於問題的解決，只會讓農民失去對競爭威脅的敏感度，將導致台灣農業生技競爭優勢的流失，應落實庶民化的農業新科技，蔡政府施政不能短視，更不能只顧撒錢！
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