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此次THE排名，台灣共計43所大專校院進入排名，其中以台灣大學排名187為最高，也是唯一進入前200名的台灣學校，其次為中國醫藥大學、台北醫學大學和亞洲大學；國人印象中的傳統名校清華大學、陽明交通大學、成功大學等均排在500名之後。
排名出來讓不少人感到訝異，有人認為是商業利益操作影響，對此，台大分析，台大在許多項目的客觀數字實際值比去年進步，但主觀互評分數，如「教學聲望」與「研究聲望」卻下降許多，須加強國際合作，提高能見度和影響力；亞大則表示，關鍵在於該校的國際論文引用率大幅提升。
究竟國際大學排名系統看重哪些東西？是否能透過一些方法操作？侯永琪指出，全世界幾個比較重要的排名系統，比如說QS、THE、上海交大、甚至是美國的U.S. News & World Report都有各自的排名指標，但主要共同點皆以研究為主，也就是從不同的學術資料庫計算該校的研究成果，檢視該校出版、期刊、知識產出等，對世界的貢獻與影響力，有些是看過去一年學術出版的數量，有些是計算教師發表的文章被引用的次數，以此檢視學術影響力。
侯永琪說，因為這些客觀指標明確、計算方式定義清楚，就有操作的空間，「像我是政大的教授，若有新加坡或美國大學合聘我，我寫的論文掛上這些校名，研究成果就能被計算」，有些學校會挖角論文引述度高的學者，用合聘，甚至掛名方式，衝高指標分數，公立大學編制比較嚴格，沒有真正應聘，最多只能掛兼任教授，但私校較彈性，有可能學者不必真的到校合作、開課，只要花錢，談好條件就能「掛名」、放入學者名冊中。
侯永琪認為，客觀指標的可操作性大一點，很多學校會針對這些指標，進行校內策略變化、資源重新配置，最不好操作的是主觀互評、聲譽這塊，因為不知道相關單位會發問卷給哪些學校的哪些學者，學者要不要填答、填答是否根據個人意志或依據學校政策等，皆難以操縱，但學校仍會去找合作學校、姊妹校，或請教師的國際合作夥伴，幫忙填答、推薦該校。
立委黃國書昨（20）日在立院質詢時表示，教學聲望、研究聲望是問卷評比，有台灣學者推測，可能是中國學者特意不推薦有掛上「國立」的台灣部分大學，以系統性操作，影響此次排名。
台大副校長羅清華回應，不敢妄自揣測，排名影響因素多，但不可否認中國在全世界學術影響力隨著經濟成長，大了許多，若以過去10年科學領域來看，逾5成文章、期刊的編輯是中國學者擔任，影響力不容忽視，但排名是否影響，不敢揣測，只能當作參考、再加強努力。
至於有人說大學排名是門好生意，大學可向排行機構購買相關諮詢，有專人針對相關指標量身調整方向。
侯永琪表示，國際大學排名系統的發展各有不同目的，像QS或THE為私人機構，某種層面上當然有商業考量，除了提供國際生到國外求學的資訊，在推展上也會尋找獲利可能，這是無可厚非；每個排名系統的指標、權重都不同，但學校教學、研究品質的檢視是很複雜的，指標數字只能看到表面現象，無法體現學校真正的狀況，但仍是現行評價大學眾多工具的一種，具參考價值。
最後侯永琪提醒，有些學校為衝高排名，與論文引述度高的學者合作，或想辦法拉高國際合著論文比例，若這些學校真能落實，幫台灣聘到優質學者，實際進入系所指導學生、與校內教師合作，願意投資那麼多資源，值得被鼓勵，比較擔心的是學校只為了追求表面上、數字上的成長，並沒有真正把它深化到校園學術文化的提昇，就比較可惜了。
