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國軍現有444枚愛國者防空飛彈，並陸續將愛國者二型飛彈升級，軍方每隔2年會實施一次愛二飛彈試射。目前全台北中南都有愛國者三型飛彈陣地，其中北部位於南港、新店與萬里。由於愛國者防空飛彈系統能夠機動移動，除了上述三處外，也能移防自其他空曠處部署，或實施戰力保存，漢光演習期間，愛三飛彈系統也曾部署於北市河濱公園與木柵動物園外停車場。
由於愛國者飛彈系統為國軍主要攔截彈道飛彈裝備，中國積極想獲得相關參數。2016年10月5日，軍方原訂在台東進行愛國者二型飛彈實彈射擊，演習規劃發射天弓飛彈模擬敵彈道飛彈，再以愛國者飛彈進行攔截，但演習卻臨時喊卡，因發現中共海警船在蘭嶼東南方附近公海活動，為避免重要電子參數遭中國搜集，決定停止射擊任務。
