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前衛福部長陳時中投入選戰後，衛福部長一職由「好兄弟」薛瑞元接棒，然而秉持著「老莊」、順勢而為的薛，在上任後數度「金句連發」，搖身成為「大怒神」，更曾誓言要與嗆國民黨立委「梭哈、搞到底」，還一度槓上鴻海集團創辦人郭台銘，讓郭在臉書回擊政府「禽獸食祿」，引發外界熱議。
薛瑞元上任至今約200餘日，健保部分負擔原定去（111）年5月15日起調整，預計可挹注99.9億元健保收入，年底安全準備金將達1.32個月，不過考量當時本土疫情升溫，衛福部表示，為讓醫療院所專注防疫，避免加重負擔，因此暫緩實施。
薛瑞元曾喊出，疫情已經逐漸趨緩，往好的方向走，但經濟能否強力反彈仍待觀察，公告部分負擔新制到實施約需要一個月的時間，因此預計今年第一季上路，如今已2月初，箭在弦上不得不發。
此外，新冠肺炎疫情趨緩，各國即將解除新冠緊急狀態，台灣勢必也將持續鬆綁各項防疫措施，回到常態生活，只是何時能鬆綁口罩、解除隔離限制、取消就醫障礙、調降新冠肺炎法定傳染病等級、解散中央流行疫情指揮中心，也有待衛福部與指揮中心決策，防疫尾聲，薛瑞元要面臨的挑戰仍不少。
衛福部下轄10司為部會之最，業務繁雜，健保署長已由衛福部常務次長石崇良接任，外傳疾管署長周志浩將接任次長，並由指揮中心發言人莊人祥接任疾管署長，目前人事案未定，如何調動布局，同時穩健踏實推行業務，也將考驗薛瑞元與政院智慧。
