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●2020年1月5日，台灣正式將新冠肺炎列為第五類法定傳染病，以強化嚴重特殊傳染性肺炎的疾病監測及防治。
●2020年1月20日，因應鄰近國家接連出現武漢境外移入確診個案，疾管署宣布成立｢嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，三級開設，由疾管署長周志浩擔任指揮官，統籌整合各部會資源與人力
●2020年1月21日，台灣首次檢出新冠肺炎境外移入確診個案
●2020年1月23日，指揮中心提升至2級開設，由時任衛福部長陳時中擔任指揮官
●2020年2月3日，首批武漢台商包機抵台，247人集中檢疫14天，1位確診送醫治療
●2020年2月6日，口罩實名制1.0上路
●2020年2月8日，寶瓶星號郵輪登船檢疫，128名採檢陰性返家並自主健康管理14天
●2020年2月10日，暫停小三通，並限縮台灣直航中港澳航線，只留北京首都、上海浦東、上海虹橋、廈門高崎、成都雙流機場等5航線
●2020年2月27日，指揮中心提升為1級開設，持續由時任衛福部長陳時中擔任指揮官
●2020年3月10日，發布「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」及相關授權規範
●2020年5月8日，公布防疫新生活運動4大要點
●2020年12月30日，指揮中心洽購近2000萬劑新冠疫苗
●2021年2月10日，指揮中心與莫德納簽署505萬劑新冠疫苗供應合約
●2021年3月5日，首批AZ疫苗抵台，3月22日正式開打
●2021年4月20日，華航諾富特爆發群聚事件
●2021年5月9日，萬華茶室、宜蘭電子遊藝場爆發群聚事件
●2021年5月11日，社區傳播風險提升，全台實施二級疫情警戒
●2021年5月15日，社區傳播風險擴大，全台實施三級疫情警戒
●2021年5月28日，首批莫德納疫苗抵台
●2021年6月4日，日本政府提供台灣124萬劑AZ疫苗抵台，7月8日日本政府提供113萬劑AZ疫苗抵台、7月15日提供97萬劑AZ疫苗抵台、9月7日提供6.4萬劑AZ疫苗抵台、9月25日提供50萬劑AZ疫苗抵台
●2021年6月20日，美國政府捐贈台灣250萬劑莫德納疫苗抵台
●2021年7月19日，衛福部核准高端新冠肺炎疫苗專案製造
●2021年7月22日，指揮中心宣布與莫德納再簽約3600萬劑新冠疫苗合約，衛生福利部傳染病防治諮詢會預防接種組（ACIP）同意，將國產高端疫苗列入公費接種，並開放第一劑AZ混打第二劑mRNA疫苗
●2021年7月26日，新冠肺炎降為二級疫情警戒
●2021年7月31日，立陶宛捐贈2萬劑AZ疫苗抵台
●2021年8月29日，捷克政府捐贈3萬劑莫德納疫苗抵台
●2021年9月2日，台積電、鴻海永齡、慈濟共同捐贈1500萬劑BNT疫苗，首批93萬劑抵台
●2021年9月5日，波蘭政府捐贈40萬劑AZ疫苗抵台
●2021年9月26日，斯洛伐克政府捐贈16萬劑AZ疫苗抵台
●2022年4月12日，開放確診者居家照護
●2022年4月28日，快篩實名制上路
●2022年5月12日，快篩陽即確診上路
●2022年7月15日，王必勝接任指揮官
●2022年10月13日，國門重啟，居家檢疫改為「0+N」
●2022年12月1日，放寬室外口罩規定
●2023年2月20日，放寬室內口罩規定
●2023年3月20日，輕症免通報、隔離
●2023年4月17日，鬆綁大眾運輸口罩
●2023年4月27日，指揮中心舉行終場記者會
●2023年5月1日，新冠肺炎法定傳染病降為第四類，指揮中心同日起解編
