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鄭明典進入中央氣象局，除了局長外，曾任衛星中心擔任簡任技正、資訊中心副主任、科技中心主任、預報中心主任等，他分享，在科技中心任職時，有許多博士回國共事，彼此發揮各自專長，「感覺氣象局氣氛都被帶起來，那段時間很有成就感」，不過也因為這段經歷加上求學生涯接觸的事物，鄭明典始終將自己定位成以「研究」為主的專家。
想不到在2009年莫拉克颱風後的某天，鄭明典在氣象局走道上遇到時任局長辛在勤，對方卻對他說：「你去接『那個位置』，你知道的」，說完便轉身離開。於是鄭明典意外接下預報中心主任，不過事後回想此事，鄭明典在專訪時顯得有些遺憾，表示「我做模式看的是長期的氣候，注重理論可能對天氣的影響，但預報中心焦點是短期的天氣，在意的是結果，平時還要面對媒體，總覺得我和預報中心有點格格不入。」
雖然帶著忐忑的心情進入預報中心，但鄭明典一做就長達快8年，2010年更因為一篇「令人不安的降雨預測」貼文，讓他臉書關注粉絲一夜暴漲，成為人們口中的網紅，不過撰寫天氣文章雖然開啟了網路討論以及與民眾雙向溝通的道路，實質上卻也讓部分氣象局和中央主管機關出現一些反面聲浪。
鄭明典在2017年2月無預警請辭預報中心主任，專訪時他透露，主要是2016年7月開始，在連續歷經尼伯特、莫蘭蒂等多個颱風後，自己當時對天氣變的反應遲鈍，「我會形容那是另類的工作倦怠，情緒達到飽和，整個人拒絕接受颱風訊息，甚至催眠自己這颱風沒事，感覺長期未被放大的壓力一次爆發」。至於如何調適這樣的心情？鄭明典當時的選擇不是硬撐或得過且過，而是非常坦蕩的回應「我就說我不幹啦，哈哈哈。」
鄭明典2017年回歸熟悉的科技中心擔任主任，2018年被晉升為氣象局副局長，並在2020年前任局長葉天降退休後，正式上任局長，即將退休的他說道「我做任何決定都很看直覺，自己做過的事通常結束就忘了，同仁提醒後才會想起，所以我常形容自己是個人形立牌，感覺上很多想法只是剛興起，身後的同事都能把後續處理得很好。」
雖然對自己在氣象局的貢獻沒有特別印象深刻的案例，但回顧3年局長的任期，鄭明典提及「氣象局真的有改變，尤其很多單位會透過官方臉書與民眾互動、給予豐富的資訊，大家對工作的氛圍是很享受的，而不是備感壓力」，比起自己剛進氣象局相對封閉的環境，即將退休的鄭明典專訪時沈默了幾秒，感性的說「感覺真的很愉快，沒留下什麼遺憾。」
