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潛艦機敏資料屬國防機密，刺探、蒐集、交付可能涉及《刑法》外患罪，法律規定，內亂、外患罪及妨害國交罪，管轄權在二審，因此，由高檢署偵查有關內亂、外患及妨害國交的部分；至於北檢也分「他案」指派「檢肅黑金專股」查明是否涉及《刑法》洩密罪、或《國安法》。
馬文君5日在臉書表示，去年1月接獲爆料資料，包括：難辨真偽的大量圖紙、計畫，與簡報，還有前海軍顧問郭璽的音檔。經她把資料交給國防部，國防部稱「是廠商惡鬥、沒什麼特別的機敏資料洩漏、不至於影響潛艦建造」。
馬文君聲明表示，後來她以國會辦公室名義行文法務部調查局，並附上爆料錄音檔，請調查局立案偵辦。據悉，調查局去年2月接獲馬文君辦公室資料後，已立案蒐證，並報請高雄地檢署指揮偵辦。
至於2018年間，郭璽等人控告海軍黃姓退役軍官涉嫌妨害名譽，北檢偵辦後，對黃姓退役軍官罪不起訴，期間又接獲匿名告發潛艦國造廠商糾紛，北檢仍在偵辦中。
