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南水局指出，百年前建造烏山頭水庫時，已有再興建一座水庫提供嘉南平原更穩定灌溉水源的構想，曾文水庫經過8年規劃籌備，6年施工，於1973年10月底竣工營運。
在日前水庫營運50年來的回顧特展中，南水局回憶，曾文水庫曾因颱風莫拉克造成單次淤積約9108萬立方公尺，對水庫營運與南部地區供水帶來巨大威脅，為延長水庫壽命與維持南部地區供水穩定，進行多項更新改善工程，包括於庫區上游設置攔木設施、庫區設置攔污索，並將永久河道放水道荷本閥更換為射流閘門等，更在2018年啟用台灣第一座防淤隧道，增加水庫蓄清排渾與底孔排砂能力，有效減少水庫淤積。
除水力排砂外，也積極進行多元清淤工作，如利用傳統陸挖進行水庫上游河道疏通，採用全國首創水上浚挖船運及抽泥船24小時不間斷地抽泥作業等方式，持續增大清淤量能，冀望水庫淤積零成長，水庫能逐年回春恢復庫容。
今年年初，南部出現30年來最大水荒，曾文水庫也遇缺水危機，水庫蓄水量甚至一度跌至1成以下，在暑假期間接連歷經杜蘇芮、卡努等2大颱風後，水位才逐漸回升，在後續幾波對流雨後，終於在9月11日到達標高227公尺的滿水位，直至今日已取得滿庫達53天的里程碑。
水利署發言人王藝峰表示，曾文水庫容量大，且依照曾文溪的流量，以及用水觀察，水庫要滿庫其實很困難，但在近月水庫滿庫後，一般用水改以高屏溪做優先使用，減少曾文溪用水，加上二期稻作目前已過用水尖峰期，僅烏山頭水庫就能足以因應，曾文水庫才得以達到53天滿庫的里程碑。
曾文水庫目前蓄水量仍維持約5億萬噸，持續保持在100%滿水位。
